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高通量測序

產品介紹：
服務內容：
l 基因組de novo測序
1  基因組DNA提取
2  構建不同長度的基因組文庫
3  上機測序
4  數(shù)據(jù)處理：去除接頭序列、污染序列等
5  基因組拼裝統(tǒng)計：原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計、測序深度分析、覆蓋度統(tǒng)計、GC含量分析等；
6  基因組注釋：基因預測、基因功能注釋、重復序列分析、nocoding RNA注釋等；
7  基因功能分析　GO分析，KEGG通路分析等；
8  比較基因組學及進化分析：物種系統(tǒng)發(fā)育樹構建、基因家族鑒定、基因共線性分析等。
 
l 基因組重測序
1  基因組DNA提取
2  構建基因組測序文庫
3  上機測序
4  數(shù)據(jù)處理：去除接頭序列、污染序列等
5  序列比對
6  SNP、 InDel、CNV、SV檢測等
 
l 宏基因組測序
1  基因組DNA提取
2  構建基因組測序文庫
3  上機測序
4  數(shù)據(jù)處理：去除接頭序列、污染序列等
5  宏基因組組裝：原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計、測序深度分析、覆蓋度統(tǒng)計、GC含量分析等；
6  樣品復雜度分析：將測序所得Reads與業(yè)數(shù)據(jù)庫進行比對統(tǒng)計；
7  物種分類：基因預測、相對豐度計算等；
 
l 真核生物轉錄組測序
1  RNA提取
2  構建測序文庫
3  上機測序
4   數(shù)據(jù)分析：
     無參考基因組的轉組分析
Ø 基本數(shù)據(jù)處理（圖像識別，堿基識別，測序街頭序列過濾，樣品污染可能性檢測）
Ø 測序數(shù)據(jù)產量統(tǒng)計，數(shù)據(jù)成分和質量評估；
Ø Contig及Scaffold長度分布；
Ø Unigene的長度分布，GO分類，功能注釋，代謝通路分析，表達差異分析。
有參考基因組的轉錄組分析
Ø 基本數(shù)據(jù)處理（圖像識別，堿基識別，測序街頭序列過濾，樣品污染可能性檢測）；
Ø 與參考基因組比對后的注釋信息；
Ø 基因在基因組上的分布；
Ø 測序深度分布，測序隨機性評估，基因差異表達分析；
 
l Small RNA測序
1  RNA提取
2  連接接頭及純化Samll RNA
3  上機測序
4  數(shù)據(jù)處理：去除接頭序列、污染序列等
5  樣品間的公共序列和特異序列的分析
6  Small RNA 與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比對信息
7  Small RNA 與重復序列的比對信息（需提供選定參考基因組對應的重復序列注釋信息）；
8  Small RNA 與 miRBase 中范圍的已知的 miRNA 的比對；
9  按照優(yōu)先將 small RNA 進行分類注釋； 
10 利用Mireap 對沒有注釋的small RNA 進行預測，預測新的 miRNA ；
11樣品間miRNA 差異分析（2個或2個以上樣品）和聚類分析（3個或3個以上樣品) ；
12  MiRNA 靶基因預測（需要提供基因編碼序列）；
 
l 簡化基因組測序
1  基因組DNA提取 酶切 接接頭
2  上機測序
3  數(shù)據(jù)分析
 
未知參考基因組的信息分析流程
Ø 原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質量評估；
Ø 標記位點分析（標記位點鑒定，SNPs位點與InDel位點鑒定）；
Ø 全基因組關聯(lián)分析（GWAS）；
Ø 連鎖分析和QTL定位；
Ø 種群進化分析。
已知參考基因組的信息分析流程      
Ø 原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質量評估；
Ø 標記位點分析（標記位點鑒定，SNPs位點與InDel位點鑒定）；
Ø SNP單體型圖譜分析；
Ø 全基因組關聯(lián)分析（GWAS）；
Ø 連鎖分析和QTL定位；
Ø 種群進化分析。
 
l 細菌16S rDNA測序
 
1  基因組DNA提取 PCR擴增
2  上機測序
3  原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質量評估；
4  OTU列表生成及注釋；
5  豐度分析（Alpha多樣性分析、物種豐度差異分析、聚類分析）；
6  群落結構分析（單樣品物種分布、 多樣品物種分布、含進化關系的
物種分布、Beta多樣性分析）。
服務說明：
1、提供實驗材料，其必須保證新鮮，請您采樣后立即放入液氮中速凍或加入樣品穩(wěn)定劑。
2、如果提供DNA，我們要對其進行評估?；蚪MDNA無明顯降解，濃度≥500 ng/ul，總量
   大于30μg。
3、如果樣品可以用Trigol法提總RNA ，也可以將樣品研磨后放在 Trigol中。
4、如果提供RNA，我們需要我們評估請?zhí)峁舛?ge;500 ng/ul，總量≥20 ug 的total RNA樣品
   樣品請去蛋白并進DNase處理。